Auf den nordfriesischen Halligen gibt es fünf Halligschulen gemäß § 46 Schulgesetz für den Bereich Primarstufe und Sekundarstufe I, von denen zur Zeit nur drei besetzt sind. Sie sind trotz der Ähnlichkeit ihrer Lage sehr unterschiedlich.

Jede Hallig hat für sich ein eigenes, wenig vergleichbares Umfeld. Der Tourismus, der auch Auswirkungen auf die Schüler und ihre Elternhäuser hat, ist z.B. sehr unterschiedlich ausgeprägt und wird sogar innerhalb der einzelnen Halligen sehr unterschiedlich bewertet. Zudem gibt es verschiedene Festlandsanbindungen: Hooge und Langeneß haben vom Frühjahr bis zum Spätherbst zweimal täglich eine Fähranbindung, im Winter jedoch nur eingeschränkt. Langeneß ist zusätzlich genau wie Oland und Nordstrandischmoor über einen Lorendamm erreichbar. Gröde hat unregelmäßige Schiffsanbindungen nach Fahrplan von April bis Oktober, im Winter bei gutem Wetter einmal vierzehntägig. Diese äußeren Einschränkungen stellen für die Halligschulen eine besondere Herausforderung in Bezug auf die Zusammenarbeit untereinander und mit Partnerschulen auf dem Festland dar, sodass von November bis März kaum gemeinsame Unternehmungen durchgeführt werden können.

Die geringe Schülerzahl an den Halligschulen gestattet einen offenen Unterricht mit relativ freier Stundeneinteilung. Es gibt feste Unterrichtszeiten und Stundenpläne, die der Kontingentstundentafel des Landes Schleswig-Holstein entsprechen. Themen der einzelnen Fächer können epochal, fächerübergreifend und jahrgangsübergreifend unterrichtet werden. Von dieser Regelung ausgeschlossen sind die Kernfächer Deutsch, Mathematik und Englisch. Sie werden wöchentlich nach der Kontingentstundentafel unterrichtet. Aktuelle Fragestellungen können zeitnah in den Unterricht integriert werden.

Die Besonderheit der Halligschulen erfordert die Selbstständigkeit der Schüler und Schülerinnen beim Erarbeiten neuer Lernstoffe und bei der sinnvollen Nutzung unterschiedlicher Informationsquellen. Dabei gilt auch das „Helferprinzip“: Der, der es weiß, hilft dem, der es nicht weiß.

Im Bereich des Englischunterrichts findet zusätzlich für alle Halligschüler ein gemeinsamer, differenzierter Online-Unterricht, das sogenannte E-Learning statt. Über das IQSH wird dazu eine qualifizierte Fachlehrkraft zur Verfügung gestellt, die darüber hinaus durch regelmäßige Besuche der einzelnen Schulen den Kontakt fördert und die Halliglehrkräfte berät und unterstützt.

Die Halligen sind in den Wintermonaten mehrmals pro Jahr von „Landunter“ betroffen. Dadurch kann an diesen Tagen ein Unterricht im Schulgebäude nicht stattfinden. Die Schüler erhalten im Vorfeld oder per Mail geeignete Aufgaben, die an diesen Tagen zu bearbeiten sind.